Universitas Muhammadiyah Yogyakarta ditunjuk sebagai Universitas Pembina Perguruan Tinggi Muhammadiyah di Wilayah Yogyakarta, Jawa Tengah, Jabotabek, dan beberapa Wilayah diluar Pulau Jawa. Salah satu bentuk program yang dikembangkan adalah pemberdayaan dan penguatan ekonomi masyarakat melalui inkubator bisnis/SEBI. Program ini menjadi komitmen bersama dalam forum Rektor Perguruan Tinggi Muhammadiyah. Pada tahun ketiga (tahun 2015) diharapkan telah mampu menjadi model inkubator bisnis mahasiswa yang layak dijadikan benchmark Perguruan Tinggi Muhammadiyah khususnya PTM binaan. Komitmen ini telah dibahas bersama dan disetujui dalam koordinasi Forum Rektor pada Bulan Juli 2012. Komitmen untuk mewujudkan model ini didukung oleh Bapak Jusuf Kalla, yang selanjutnya didukung oleh Bank BRI dalam bentuk hibah Riset Kewirausahaan kepada kelompok mahasiswa. Pada tanggal 9 Januari 2013 dilakukan MoU yang ditandatangani secara langsung oleh Rektor UMY dan Dirut BRI Bp. Sofyan Basir bersama Bapak Jusuf Kalla sebagai pencetus ide pengembangan program, dengan kucuran dana hibah sebesar 3,4 miliar untuk membiayai 50 kelompok riset UKM dari mahasiswa UMY